Il Credito Cooperativo è un Sistema nazionale che si articola in due versanti: associativo e imprenditoriale.
Il versante associativo è suddiviso in tre livelli: locale, regionale e nazionale.

Le Banche di Credito Cooperativo aderiscono alle Federazioni Locali (che rappresentano una o più regioni e in totale sono 15) che, a loro volta, sono associate a Federcasse, la Federazione Italiana delle BCC-CR, che svolge funzioni di rappresentanza e tutela della categoria e di assistenza di carattere legale, fiscale, organizzativo, di comunicazione, di formazione a favore di tutto il Sistema del Credito Cooperativo.

Il versante imprenditoriale è costituito dal Gruppo bancario Iccrea, rappresentato dalla Capogruppo, Iccrea Banca S.p.A, e dalle Società da questa controllate, che predispongono prodotti e servizi a beneficio esclusivo delle Banche di Credito Cooperativo e Casse Rurali.

Il Credito Cooperativo italiano aderisce alla Confcooperative che è il più grande Sistema della cooperazione italiana e internazionale.

Nel più ampio contesto del Credito Cooperativo internazionale, le BCC, attraverso Iccrea Banca, partecipano all'Unico banking Group e all'EACB, l’Associazione delle Banche Cooperative Europee, attraverso Federcasse.

Il Credito Cooperativo, inoltre, partecipa all'Unione Internazionale Raiffeisen, organismo che si propone di divulgare la cooperazione di credito nei paesi del sud del mondo, secondo gli insegnamenti di Friedrich Wilhelm Raiffeisen, "padre" della cooperazione di credito.